Passano gli anni, ma la Ignazio Messina resta un sinonimo di garanzia ed efficienza assoluta. Con il ritorno dell’organizzazione terminalistica a Genova, l’impegno della Compagnia continua

ad essere la razionalizzazione e specializzazione dei servizi, testimoniata anche dagli importanti investimenti effettuati presso il nuovo Terminal Messina. 
Dal dicembre ’96 la Linea Messina concentra nel cuore di Genova, uno dei principali porti in Italia, la sua organizzazione, i suoi traffici marittimi e le sue linee con la realizzazione del Terminal nelle immediate vicinanze dei nodi autostradali, dotato di raccordo ferroviario e varco dedicati e assistiti dall’Ufficio di Dogana e dalla Guardia di Finanza. 
Il Terminal Messina, primo per movimentazione di contenitori, merci varie e rotabili nel porto storico di Genova, si estende su un’area di 253.355 mq di cui circa 11.000 coperti. 
Dotato di tutti i mezzi ed infrastrutture idonei, garantisce la ricezione, lo stoccaggio, il consolidamento, l’imbarco e lo sbarco di ogni tipologia di merce 24 ore su 24 e 365 giorni all’anno. 
Dispone inoltre di strumenti e strutture che si estendono su un’area coperta di oltre 10.000 mq, idonee ad assicurare il supporto tecnico e l’assistenza alle navi sociali ed ai mezzi di terra e di bordo qualificandosi come un vero e proprio cantiere navale regolarmente iscritto negli appositi registri.
C’è da ricordare, anche, che all’inizio degli anni ’80 la Ignazio Messina costituì un’organizzazione di logistica integrata, facente capo alla sede, realizzando, anche per una più efficiente presenza commerciale, 6 terminal intermodali nei punti industriali più strategici del Nord e Centro Italia. 
Gestiti direttamente, movimentano complessivamente ogni anno da e per il porto di Genova circa 100.000 camion ed oltre 2.000 treni blocco utilizzando anche carri ferroviari di proprietà.
In tutti i terminal vengono offerti ai clienti  i servizi di ricezione, pesatura, magazzinaggio, consolidamento,  consegna e, in alcuni, vengono svolte anche operazioni di sdoganamento.